隨著冷藏集裝箱制冷、控制技術的發展和日益完善，冷藏集裝箱的海運不斷擴大。嚴格控制溫度，采用濕度和空氣相結合控制新鮮水果和蔬菜，確保貨物以最優質的質量交付給貨主。盡管冷藏集裝箱現在具有各種功能，但如果這些工作做得不好，它們仍然不能以優質的質量保證貨物安全運輸到目的地。
冷凍儲存是保存易腐貨物的一種古老而傳統的方法。冷凍可以鈍化酶的分解，減緩氧化，抑制微生物的生長和繁殖，使貨物處于休眠狀態，并能使產品在生產數周甚至數月后仍保持高質量。冷藏集裝箱的海運和特殊箱運輸顯得尤為重要。
冷藏集裝箱海運的拼箱混裝
對低溫冷藏貨物拼箱運輸，除了制成食品與食品原料由于衛生情況及不同種類貨物串味而受影響外，一般不存在其他重大影響。一般貨物在較低的溫度下凍藏，更有利于保證質量。
一般來說，應避免混合新鮮水果和蔬菜。由于運輸量、品種等因素需要注意以下問題，溫度是水果和蔬菜的主要條件。水果和蔬菜溫度越接近就越好。由于水果和蔬菜對溫度變化特別敏感，低溫可以降低呼吸強度，以提高水果和蔬菜的耐腐蝕性。
冷藏集裝箱貨物的包裝
包裝是冷藏集裝箱貨物的重要組成部分，是防止貨物損壞和污染的基礎。適當的設計和高質量的包裝材料應能承受冷凍和運輸造成的損害。包裝應能：①防止貨物積壓損壞②運輸過程中的沖擊③標準外形尺寸，適用于直接放入集裝箱④防止貨物脫水、串味等。
由于上述原因，不同的貨物應具有不同的設計和包裝材料，以滿足質量要求。易腐水果和蔬菜應使用的包裝，應使空氣能在貨物中間循環，以帶走貨物呼吸產生的氣體、水蒸氣和熱量等。
冷藏集裝箱貨物海運的堆裝
根據冷凍貨物、保鮮貨物、一般冷藏貨物和危險品等貨物的不同特點，冷藏集裝箱貨物海運的堆放方式也不同。
由于貨物本身不會散發熱量，并且在包裝前已經預冷到設定的運輸溫度，因此堆放方法非常簡單，只需將貨物緊密堆放成一個整體即可。貨物和箱壁之間不得有間隙。但是，裝載的貨物應低于紅色戒線。只有這樣，冷空氣才能均勻地流過貨物，以確保貨物所需的溫度。
由于呼吸作用，新鮮貨物會產生二氧化碳、水蒸氣、少量乙烯和其他微量氣體和熱量。其堆放方式應使冷空氣在包裝材料和整個貨物之間流動，補充新鮮空氣。
